برخی عقل و فطرت را یک حقیقت ـ و در نتیجه حجتی واحد ـ می‌انگارند، اما به نظر ما عقل و فطرت، دو حقیقت و دو مدرک مستقل از هم‌اند؛ آن دو از جهات گوناگونی با هم متفاوتند: از جمله، از نقطه نظر تحلیل مفهومی، از جهت ماهیت و مراتب و اقسام، از نظر روش‌شناسی احراز وجود آن دو، از حیث مبانی حجیت و ادله‌ی حجیت آنها در دین‌پژوهی، از بعد کارکردهای دلالی هر یک، گستره و قواعد، ضوابط و موانع کاربرد و کارآیی آن دو در قلمرو دین‌فهمی، و همچنین روش‌ها و قواعد آسیب‌شناسی معرفت عقلی و معرفت فطری.
استقلال و تمایز عقل و فطرت، با روش‌های زیر قابل طرح و تبیین است:
یک) تحلیل لغوی لفظی، از رهگذر بررسی «ماده» و «هیأت» واژه‌ها‌ی عقل و فطرت (رهیافت مفهوم شناختی)
دو) بررسی کاربرد آن دو در متون مقدس (رهیافت درون دینی = نقلی)
سه) مطالعه‌ی تطبیقی مختصات و کار ویژه‌های هر یک (رهیافت نظری و کارکردی)
اینک به اختصار به پاره‌ای از تمایزها در زیر اشاره می‌کنیم:
۱ـ از آن‌جا که واژه‌ی عقل و فطرت، واژگانی تازی‌اند، باید آن دو را از منظر لغت و وادبیات عرب مورد تحلیل واژگانی و معناشناختی قرار داد؛ واژه‌ی فطرت، هم از حیث ماده (ف، ط، ر) هم از نظر هیأت (وزن فٍعله) بر نوع خاصی از آفرینش دلالت می‌کند.
ماده‌ی «فٍطر» در لغت به معنی خلق غیراقتباسی و ابداع و اختراع۲ است، نه مطلق خلقت. وزن «فٍعله» نیز بر طرز خاصی از فعل دلالت می‌کند؛ وقتی می‌گویند: «جَلَسْتُ جِلسهً» (نشستم نشستنی) دلالت به نحوه‌ی خاصی از جلوس می‌کنند، پس هیأت کلمه‌ی فٍطره نیز بر نوع ویژه‌ای از خلق دلالت دارد، و حاکی از خلقت خاص آدمی و نحوه‌ی وجود او است (نه قوه یا مرتبه‌ای درهستی یا نفس بشر).
ماده‌ی «عقل» دال بر منع، حصن، حبس، بازدارندگی، و نیز به معنی تمییز و فهم است، کلمه‌ی عقل مصدر است اما به معنی اسم فاعل (عاقل) و اسم مفعول (معقول) نیز به کار رفته است.
فطرت، هیچ معادل و مترادف تام و دقیق، همچنین ضد و مقابلی، در زبان تازی و زبان‌های دیگر ندارد اما نُهی، حٍجر، فهم، از جمله‌ی برابر نهادهای کلمه‌ی عقل به شمار می‌رود، نیز جهل، حْمق، شهوت، اضداد عقل قلمداد می‌گردد؛ چنان که ملاحظه می‌شود میان فطرت و عقل به لحاظ زبانی و لغوی هیچ‌گونه ترادف و تشابهی وجود ندارد.
۲ـ هیچ شاهدی مبنی بر یگانگی عقل و فطرت در لسان وحی و سنت به چشم نمی‌خورد و آنچه به زبان صریح یا نمادین درباره‌ی این دو مقوله در متون دینی مذکور افتاده است در دوگانگی آن دو ظهور دارد؛ در احادیث، برخورداری از عقل، وجه مشترک میان انسان و فرشته انگاشته شده (علل‌الشرایع، ص۴ / مشکاه‌الانوار، ص۲۵۱ / بحار، ج۶، ص۲۹۹) این در حالی است که در متون مقدس بر تطابق اسلام با فطرت بشر تصریح و تاکید شده است (روم / ۳۰:۳۰) و آدمی همزاد فطرت است (کُلُّ مَولوُدٍ یُولَدُ عَلی الْفِطره) اما التزام ملائک به «باید و نبایدهای دینی»، نه ممکن و نه مطلوب است، بسا که الزام فرشتگان به اتّباع از شریعت از حیثی، الزام به «مالایطاق» و از حیث دیگر لغو باشد؛ اختصاص فطرت و اسلام به انسان و عدم توان و تناسب التزام ملک با شریعت به رغم اشتراک بشر و فرشته در عقل، به وضوح بر دوگانگی عقل و فطرت دلالت می‌کند.
۳ـ فطرت برابر با همه‌ی وجه ملکوتی آدمی انگاشته شده (روم:۳۰)؛ اما عقل بخشی از وجود بشر یا منزلت و موهبت برای او قلمداد می‌گردد؛ قیمَهُ کُلِّ اِمْرءٍ عَقْلُهُ (غررالحکم، ج۴۴، ص۵۰۴، ح۶۷۶۳) اَغْنی الغَنی العقلُ (نهج‌البلاغه، ح ۳۸)، از حدیث معروف «جنود عقل و جهل» و نظائر آن نیز استقلال و مغایرت عقل از وجود آدمی استنتاج می‌شود.
۴ـ فطرت میثاق الهی است و عقل حجت خداوندی: فَبَعَثَ فیهِم رُسلَهُ، وَ واتَرَ اِلَیْهِمْ اَنْبِیائَهُ لِیَسْتَأْدوُّهم میثاقَ فِطْرَتهٍ وَ یُذَکِّروهم مَنْسیَّ نِعْمتِهِ وَ یَحْتَجُّوا عَلَیْهم بِالتّبلیغِ وَ یُثیروُا لَهُمْ دَفائِنَ الْعُقولِ (نهج‌البلاغه، ج۱)
۵ـ فطرت با عقل به لحاظ ماهوی و کارکردی تفاوت‌های بسیاری دارد، خرد و خردمندی از شئون فطرت آدمی است، همه‌ی مدرکات عقل مدرک فطرت نیز می‌باشد. اما مقتضی خردمندی درک مدرکات فطری مانند زیبایی نیست، کمااین که فطرت لزوماً نیازمند برهان‌ورزی نمی‌باشد، لذا اثبات فطریات فی‌نفسه حاجتمند اقامه‌ی برهان نیست.
همچنین فطرت علاوه بر کارکرد معرفتی (همچون عقل)، دارای کارکرد احساسی و گرایشی نیز می‌باشد و این متفاوت با کارکرد تحریکی عقل در قلمرو حکمت عملی است؛ نقش عقل در حکمت عملی تحریک حساب‌گرانه است اما نقش فطرت در این حوزه، میل و کشش شائقانه درونی است. و انسان به حسب ساختمان خاص روحی خود متمایل و خواهان خداست (روش رئالیسم، ج ۵، ص۷۳)؛ منشأ زیبایی‌خواهی محاسبات منفعت طلبانه نیست، کشش کودک به سمت مادر، در نهاد او نهفته است و به نحو غیرمستشعر و بی‌آنکه محاسبه‌ای در کار باشد صورت می‌بندد (روش رئالیسم، ج۵، ص۷۳) محل معرفت فطری قلب است و محل معرفت عقل ذهن است.
۶ـ یکی دیگر از نشانه‌های تمایز عقل و فطرت این است که برخی ادله‌ی احراز و اثبات فطرت، هیچ تناسبی با اثبات عقل ندارد. مثلاً با دلیل «احکام جهان شمول»، دلیل «امکان علوم انسانی»، دلیل «انسان‌شناختی» و پاره‌ای از دلائل نقلی و . . .، فطرت احراز و اثبات می‌گردد اما عقل هرگز.